Ils sont peut-être les principaux systèmes d'exploitation pour les ordinateurs personnels, mais il en existe d'autres pour les systèmes centraux et les serveurs. Et, bien qu'ils fonctionnent principalement sur des architectures Intel/AMD, les trois ont fonctionné sur d'autres matériels : Alpha pour Windows, Motorola pour OS/X, SPARC pour Linux. Google Android et Apple iOS sont les principaux systèmes d'exploitation des téléphones et des tablettes. Windows a ses racines dans CP/M, avec des éléments empruntés à Xenix, VMS, et Xerox PARC. L'héritage d'OS/X vient de Xerox et d'Apple OS-9, avec une grande partie de BSD sur un micro-noyau MACH. GNU/Linux est l'effort de Linus pour construire un noyau 32 bits comme noyau d'un substitut du Minix 16 bits, un outil d'enseignement qui fonctionnait sur l'architecture du premier PC IBM. La partie GNU de l'équation provient des utilitaires et des applications construits par le projet GNU de la Free Software Foundation, qui a cherché à dupliquer la fonctionnalité d'UNIX en open source, afin que les connaissances soient partagées. BSD, la technologie de base sous OS/X, était également open source, avec un modèle de licence différent.
Windows est devenu dominant dans les années 1990 en raison d'une campagne agressive de Microsoft en matière de licence et de marketing qui exigeait que les fabricants des modèles d'ordinateurs personnels à matériel ouvert IBM n'utilisent que MS-DOS et, plus tard, Windows comme système d'exploitation, s'ils voulaient l'utiliser du tout. Comme IBM avait passé un contrat avec Microsoft pour fournir le système d'exploitation de son PC, tous les autres ont fait de même. La pression pour fournir des systèmes multi-utilisateurs/multitâches à bas prix construits sur la conception matérielle d'IBM a conduit Microsoft à acquérir les droits de Xenix, une version d'Unix qui fonctionnait sur le processeur 16 bits 80286.
IBM a rompu avec Microsoft après la sortie de Windows 3, en développant OS/2 comme un système d'exploitation graphique multitâches intégré, là où Win3 était encore une application graphique fonctionnant au-dessus de MS-DOS. OS/2 pouvait exécuter les programmes Windows 3, et constituait donc une alternative intéressante pour les utilisateurs expérimentés qui avaient besoin d'exécuter des applications populaires de manière plus robuste. Cependant, Windows 95 a rompu la compatibilité, et OS/2 est mort par manque d'applications natives équivalentes. Pendant ce temps, Linux devenait suffisamment robuste pour être utilisé dans les arrière-salles des ateliers informatiques et des développeurs : Les systèmes Unix de Sun Microsystems (Solaris), IBM (AIX) et Digital Equipment (ULTRIX et OSF) ont dominé la scène des réseaux alors qu'Internet prenait forme, et les systèmes d'exploitation des mini-ordinateurs et des gros ordinateurs ont continué à prospérer dans les années 90. Novell Netware a fourni un moyen de partager les ressources Windows au sein d'un groupe de travail, jusqu'à ce que Windows ajoute une pile TCP/IP native.
Windows, conçu à l'origine comme une application de bureau graphique au-dessus d'un système mono-utilisateur et monotâche a subi une refonte drastique après le schisme OS/2, avec un nouveau noyau multitâche basé sur des idées du système d'exploitation pour mini-ordinateur DEC VMS, et quelques tentatives de séparation de privilèges pour la sécurité. Le nouveau produit a été appelé NT, pour New Technology. La génération suivante, Windows 2000, a ajouté une capacité de mise en réseau avancée avec le répertoire actif basé sur LDAP. Les 18 années qui ont suivi ont été consacrées à l'affinement de l'interface utilisateur et à la chasse aux failles de sécurité laissées par le modèle mono-utilisateur d'origine, Microsoft étant fermement ancré dans des contrats de fournisseur unique avec les principaux fabricants d'ordinateurs.
Ce qui laisse Apple, autrefois présenté comme "l'ordinateur pour le reste d'entre nous", avec son modèle commercial de matériel et de système d'exploitation intégrés, avec un produit de haute qualité avec un contrôle total sur les pilotes de périphériques, solidement installé dans le système d'exploitation éprouvé BSD / Mach* affiné par des années d'expérience avec le système Apple Unix (AUX) et l'expérience de Steve Jobs dans la construction du système NEXT éphémère pendant son exil d'Apple. Les machines Apple fonctionnent tout simplement, dès leur sortie de la boîte, et elles sont belles. Apple a étendu cette philosophie au marché des téléphones et des tablettes, avec un succès fou.
Pendant longtemps, Linux a été relégué à l'installation sur de vieilles machines Windows trop lentes ou trop petites pour être mises à niveau. Mais, à mesure que le système a mûri et que le matériel de base est devenu plus performant, les machines Linux ont commencé à apparaître en production dans les centres de données, et pas seulement sur les établis des amateurs. Le système lui-même, avec les contributions des meilleurs ingénieurs, a également mûri. Les fabricants d'ordinateurs, qui n'étaient pas liés par le monopole de Microsoft sur les machines de bureau pour le matériel de classe serveur, puisque Microsoft préférait vendre des licences par utilisateur directement à l'utilisateur final, ont commencé à livrer des machines sans système d'exploitation, dont beaucoup se sont retrouvées avec Linux installé. Les vendeurs de périphériques ont été contraints de fournir également des pilotes Linux. Rapidement, les serveurs Linux ont commencé à supplanter les serveurs SPARC de Sun Solaris, en particulier pour les serveurs Internet, où les machines RISC puissantes et coûteuses étaient sous-utilisées, avec des économies de 70 à 90 %. Linux est devenu le système dominant pour l'Internet. Les actions de Sun ont chuté, et la société a été achetée par Oracle, qui avait optimisé leurs moteurs de base de données d'entreprise pour qu'ils fonctionnent sur des processeurs SPARC sous Solaris.
D'autres systèmes d'exploitation existent encore, dans les applications embarquées, et là où un contrôle en temps réel est nécessaire (ni Windows ni les systèmes dérivés d'Unix [c'est-à-dire OS/X et Linux] n'ont été conçus dans ce but, bien que les noyaux de Linux et de Solaris aient une certaine capacité en temps réel). Bien que Windows NT ait été compilé à l'origine pour le processeur DEC Alpha et ait fait l'objet d'une compilation croisée pour Intel, dans le but de le rendre portable, et qu'il soit apparu récemment sur des machines ARM, il n'est pas aussi polyvalent que BSD, la Berkeley Software Distribution, qui est encore largement utilisée dans plusieurs distributions, dérivée de la version finale open-source 4.4BSD-Lite Release 2 en 1995. Linux, également dans la tradition Unix, a fait l'objet d'une compilation croisée pour fonctionner sur plusieurs architectures différentes, et est le noyau des appareils Android et Chromebook.
*BSD a traditionnellement un noyau monolithique : MACH est une implémentation du noyau BSD sous forme de micro-noyau, où chaque sous-système est un programme séparé dans l'espace utilisateur, avec un petit module de contrôle central fonctionnant en mode protégé. Linux utilise un noyau monolithique avec des modules chargeables, de sorte que de nouveaux pilotes de périphériques peuvent être installés sans recompiler le noyau.