Cela dépend des logiciels malveillants. Le reformatage supprimera la plupart des logiciels malveillants, mais il y a des exceptions. Assurez-vous simplement de faire sauter la partition de récupération et d'installer à partir d'un bon support connu.
Certains logiciels malveillants peuvent modifier le BIOS ou d'autres parties de l'ordinateur qui survivront à un reformatage du disque dur. Ce type de malware est rare car il est spécifique au matériel. Un attaquant devra développer une variante pour chaque modèle de disque dur ou de carte mère qu'il souhaite cibler. Parfois même, un même modèle présente des différences non documentées qui nécessitent encore plus de variantes de logiciels malveillants.
C'est un niveau de sophistication et d'effort que les attaquants de garden variety n'ont heureusement pas encore atteint. C'est le domaine des attaquants et des chercheurs des États-nations. Des logiciels malveillants de recherche ont été décrits publiquement qui ciblent un seul modèle de matériel.
Cependant, il existe également des logiciels malveillants dans la nature qui peuvent s'écrire sur une partition de récupération. La plupart des fabricants d'ordinateurs personnels partitionnent les disques durs avec une petite partition cachée qui contient les fichiers Windows essentiels. De cette façon, ils économisent quelques dollars car ils n'ont pas besoin d'expédier des disques Windows OEM. Le reformatage ne supprimera pas nécessairement la partition de récupération, et vous risquez de réinstaller le logiciel malveillant à moins de supprimer la partition de récupération et de réinstaller à partir d'un support séparé que vous savez propre.