Cela signifie normalement que le marqueur du système d'exploitation qui indique que le système de fichiers (FS) a été fermé correctement est dans un mauvais état. Lorsqu'un système d'exploitation monte un FS pour l'utiliser, il place le marqueur pour montrer qu'il est en cours d'utilisation.
Lorsqu'il écrit des données dans un fichier, les données elles-mêmes doivent être écrites, mais d'autres informations doivent être mises à jour. Il s'agit notamment de l'enregistrement de la taille du fichier et peut également inclure des modifications des informations montrant où les données sont stockées. Ces informations sont contenues dans le descripteur de fichier. De nombreux systèmes d'exploitation attribuent le stockage en blocs de 4 kilo-octets connus sous le nom d'unités d'allocation (AU), et si un fichier a besoin d'un bloc supplémentaire parce qu'il a dépassé une limite de 4 kB, alors une AU de rechange doit être attribuée au fichier et retirée de la liste des AU de rechange.
Comme toutes ces informations sont stockées sur différentes parties du disque, la mise à jour de ces informations peut prendre un court moment. Si le système d'exploitation est arrêté ou si un lecteur externe est déconnecté avant que les mises à jour ne soient terminées, alors le disque peut se trouver dans un état incohérent. C'est là que le marqueur entre en jeu. La prochaine fois que le FS est monté, le système d'exploitation est informé qu'il n'a pas été fermé correctement et affiche le message.
Le message "un de vos disques doit être vérifié pour sa cohérence" est un avertissement qu'un FS peut ne pas être complètement sûr à utiliser. Un fichier peut être marqué comme contenant la mauvaise quantité de données ; les UA d'un fichier peuvent également être encore enregistrées comme inutilisées ; les UA peuvent être perdues (non répertoriées comme étant dans un fichier mais non répertoriées comme étant de réserve) ; ou il peut y avoir d'autres problèmes.
Le système de fichiers NTFS de Windows et les systèmes de fichiers EXT3 et EXT4 de Linus incluent des mécanismes de journal pour s'assurer que le FS devient automatiquement cohérent, mais si un fichier était en cours d'écriture lorsque le FS a cessé d'être mis à jour, alors des données peuvent manquer dans un fichier. Avec les disques FAT et FAT32 et les disques Linux EXT2, le fait de ne pas fermer le FS proprement peut entraîner non seulement la disparition des données des fichiers écrits, mais aussi la corruption ou la perte d'autres fichiers dans le FS. L'exécution de l'outil de réparation approprié peut ramener le fichier à un état cohérent, mais ne peut pas récupérer les données qui ont été perdues ou qui n'avaient pas été écrites.