Apple se donne beaucoup de mal pour cacher les complexités d'Unix à sa base d'utilisateurs normale. Leur philosophie de conception est de garder les utilisateurs normaux loin des soubassements du système d'exploitation. Ils comprennent que la plupart des gens veulent juste que les choses fonctionnent et ne sont pas vraiment intéressés par les diverses magies qui se produisent sous les couvertures. Ils ne veulent pas non plus que des gens qui ne comprennent pas ce qu'ils font, manipulent des éléments importants dans ces répertoires.
Cela étant dit, ils comprennent aussi qu'il y a des utilisateurs puissants, des développeurs et des bidouilleurs en général qui veulent accéder à ces répertoires, donc ils fournissent de nombreux mécanismes pour y accéder si vous savez qu'ils sont là. C'est-à-dire Terminal, l'action 'Go To Folder' du Finder, l'affichage des répertoires cachés, les alias, etc.
J'admets que /usr en est un qui est discutable dans ce sens, mais c'est loin d'être le seul qu'ils gardent caché. Ouvrez un terminal, et exécutez une commande 'ls -la /', et vous verrez toutes sortes d'autres dossiers cachés, comme net, opt, sbin, cores etc. L'utilisateur typique n'a rien à faire avec ces répertoires. De plus, ils ne suivent pas le même schéma de noms que le système d'exploitation Apple traditionnel. Apple utilise des lettres majuscules comme Applications, Utilisateurs, etc. Apple se préoccupe beaucoup de l'apparence, et le fait d'avoir ce mélange ne semble pas tout à fait correct. C'est pourquoi le fait de les cacher aide aussi. (même si, il faut l'admettre, c'est beaucoup moins préoccupant)
C'est donc juste la philosophie de conception d'Apple. Je pense à cela comme à deux systèmes d'exploitation. L'OS traditionnel d'Apple, assis au-dessus d'une couche Unix. Apple ne montre son OS qu'à ses utilisateurs normaux, et les utilisateurs de puissance, les développeurs, etc. ont tout l'accès dont ils ont besoin à la bonté d'Unix sous le capot.
Les systèmes d'exploitation d'Apple sont des systèmes d'exploitation à part entière.