Vous le pouvez absolument, et Apple le soutient. Je ne sais pas de quoi parlent les autres répondeurs.
J'ai plusieurs apps que mes clients utilisent comme outils internes pour leurs forces de vente ou leurs techniciens. Elles n'ont jamais été destinées à être publiées sur l'App Store. Elles sont mises sur les appareils des utilisateurs par le biais d'une plateforme MDM (c'est "Mobile Device Management"), auprès de laquelle un appareil est enregistré, et qui obtient des privilèges d'administration sur ses appareils "gérés", y compris la possibilité d'installer des apps. Celle que j'ai vu utiliser s'appelle Air Watch, et elle est très bien. Et il y en a plusieurs autres sur le marché qui conviendraient aussi.
C'est ce qu'on appelle la distribution d'entreprise, et c'est une façon tout à fait légitime de distribuer des apps en dehors de l'app store.
Vous pourriez aussi utiliser quelque chose comme Test Flight ou Crashlytics Beta pour distribuer des apps aux utilisateurs d'une manière un par un. Encore une fois, rien dans votre accord avec Apple n'empêche ou ne décourage cela, bien qu'il y ait quelques raisons techniques pour lesquelles ce n'est pas aussi bien que d'utiliser un MDM.
Les applications de l'entreprise peuvent être distribuées par le biais d'un MDM.