J'utilise les clients MySQL GUI principalement pour la programmation SQL, et je conserve souvent le SQL dans des fichiers. Mes favoris actuels sont :
DBVisualizer
http://www.dbvis.com/
Non gratuit mais je l'utilise maintenant comme mon client principal sur OS X à la fois pour MySQL et Vertica. Une application très complète. L'utilisation de la surface de l'écran pourrait être un peu plus efficace mais sinon, il est très difficile de lui trouver des défauts. Supporte les connexions multiples, les fichiers SQL multiples. Extrêmement stable et sans bogues. Hautement recommandé.
MySQL Workbench
http://www.mysql.com/products/workbench/
Consistently buggy mais je le garde autour. Il prend en charge plusieurs connexions ouvertes, chacune avec plusieurs onglets d'éditeur SQL qui se traduisent facilement en fichiers .sql. L'éditeur SQL a un analyseur syntaxique et reconnaît le contenu de la fenêtre comme un ensemble d'instructions séparées par " ;" avec des erreurs de syntaxe mises en évidence.
Sequel Pro
http://www.sequelpro.com/
J'ai utilisé cela un peu et jusqu'ici tout va bien. Il supporte plusieurs connexions ouvertes, mais seulement un éditeur SQL par connexion. Vous pouvez ouvrir un fichier SQL dans l'éditeur, mais alors il doesn't clairement afficher quel fichier vous avez ouvert qui est ennuyeux. Sinon, il semble solide.
Aqua Data Studio
http://www.aquafold.com/aquadatastudio.html
J'ai commencé à l'évaluer très récemment et il semble bon. Cependant, il n'est pas gratuit, et il semble avoir quelques bizarreries, par exemple l'éditeur sql vous oblige à séparer les instructions SQL avec "/", et la boîte de dialogue d'ouverture/enregistrement de fichier ne'supporte pas la boîte de dialogue de fichier native complète d'OS X, ce qui rend la navigation lente.
Querious, Navicat, et SQLEditor valent également le coup d'œil en fonction de vos besoins.
(édité pour refléter mon expérience avec/DBVis)
.