Quel est un bon système de gestion de taxonomie ou d’ontologie open source ?


Wow, je suppose que je dois fournir ma réponse égocentrique parce que personne d'autre ne l'a mentionné. Divulgation complète : je gère les deux logiciels que je m'apprête à décrire, l'un en tant que responsable du programme technique et l'autre en tant que membre bénévole de l'équipe qui y travaille.

Les programmes sont BioPortal - et sa version open source distribuée OntoPortal - et le logiciel Ontology Registry and Repository du projet Marine Metadata Interoperability. Ces deux projets répondent à toutes vos exigences et peuvent être déployés gratuitement pour votre propre usage.


BioPortal est un logiciel développé par le Center for Biomedical Informatics Research (BMIR) de Stanford il y a plus de 15 ans. Il a été en développement constant depuis, et est très sophistiqué et capable. Le déploiement principal, sur le site BioPortal dont le lien figure ci-dessus, contient principalement des ontologies biomédicales et d'autres ontologies liées à la santé, bien que n'importe qui puisse y soumettre toute ontologie correctement formatée. Il contient plus de 1000 ontologies, plus de 10 000 000 de concepts, et est très fortement utilisé et très puissant.


Si vous voulez utiliser BioPortal, vous utiliserez en fait une Appliance virtuelle appelée OntoPortal. C'est un peu pénible à installer parce que vous devez le mettre dans une Appliance Virtuelle (ou utiliser une ancienne installation Amazon AMI), mais l'ensemble des fonctionnalités, la puissance et la compatibilité à la fois avec les ontologies, les taxonomies et les thésaurus (s'ils sont correctement formatés) en font une bonne solution. Il y aura bientôt une version 3.0 qui sera un peu plus facile à installer et plus actuelle. (Je gère ce logiciel depuis 3-4 ans).

L'autre logiciel est le MMI ORR, mieux illustré dans le Community Ontology Repository de la communauté ESIP. Cela a commencé à peu près en même temps que BioPortal, mais a eu beaucoup moins de financement au fil des ans et est un produit plus simple (sans doute plus élégant). Il est écrit principalement en scala et vise les utilisateurs moins avancés, en leur permettant de coller un vocabulaire xSV et de le transformer en un vocabulaire basé sur SKOS. Sauf erreur de ma part, vous pouvez déployer l'ORR sous forme de package Docker.

Je ne serai pas plus détaillé que cela, mais cela vaut la peine de jeter un coup d'œil aux deux si vous êtes intéressé par votre propre solution de gestion des artefacts sémantiques.