Linux et les systèmes Windows peuvent partager des fichiers sur le réseau avec Samba, qui utilise le protocole SMB/CIFS pour offrir et se connecter aux partages de groupe Windows. Cela convient aux petits bureaux et aux réseaux domestiques avec des systèmes Linux et Windows.
Linux peut être intégré dans un réseau Windows en utilisant Active Directory, pour les comptes utilisateurs et l'authentification, car Active Directory utilise LDAP et Kerberos, qui sont des protocoles développés à l'origine sur Unix. L'intégration AD nécessite une coordination étroite entre les administrateurs AD de Windows et les administrateurs Unix pour synchroniser les noms d'utilisateur, les UID et les GID d'Unix avec les noms d'utilisateur et les SID de Windows.
Linux peut fournir des applications Web auxquelles les machines Windows ont accès. Ceci est courant dans les systèmes intranet, c'est-à-dire les serveurs web auxquels on accède au sein d'un réseau local.
Les systèmes NAS (Network Attached Storage) peuvent servir des partages de fichiers à Windows, macOS et Linux, en utilisant les protocoles SAMBA, NFS, WebDAV, Apple et iSCSI. FreeNAS est basé sur FreeBSD.
Linux est souvent utilisé pour fournir des services DNS, DHCP, Web et de courrier électronique dans des réseaux hétérogènes avec un mélange de systèmes Linux, Windows, et macOS.