Cela dépend de ce qu'est le programme.
S'il s'agit d'un jeu ou qui implique l'utilisation du GPU pour les graphiques plutôt que pour le calcul de chiffres, il sera égal ou avantageux pour Windows. Même chose pour l'audio.
Si le programme est lourd sur le réseau, les performances du système de fichiers, ou dur sur le cache du CPU, avantage à Linux. Même si ce n'est pas de beaucoup, sauf pour le système de fichiers (et encore, seulement si les deux OS sont correctement réglés, ce qui n'est probablement pas le cas par défaut).
Si vous avez des interfaces réseau de 40 gigabits ou plus, elles sont inutiles sur une machine Windows, alors que Linux peut saturer un 40G avec un seul flux TCP dans les bonnes conditions.
Si, cependant, vous avez certains types de problèmes... vous ne pouvez pas exécuter cela sur Windows de toute façon, donc la question est discutable. Par exemple, l'accès à la mémoire DMA à distance n'est généralement pas disponible dans Windows. Donc, si vous avez besoin de trois téraoctets de RAM dans un seul processus ? Cela ne va pas arriver sous Windows (AFAIK, il n'y a pas de cartes mères qui prennent en charge plus de 2T de RAM à l'heure actuelle).