Cela dépend principalement du système d'exploitation (la majorité des smartphones utilise Android) et du virus/malware qui a infecté l'appareil et de la profondeur à laquelle il est enfoui dans le système.
Voici une explication des partitions sur le système Android :
Partitions Android expliquées : démarrage, système, récupération, données, cache et divers
Partitions Android expliquées
Un malware Android commun s'installe sur la partition /data où l'utilisateur a accès pour installer les applications. C'est ce que la réinitialisation d'usine est capable d'effacer.
Si un logiciel malveillant parvient à escalader ses privilèges jusqu'au root (jailbreaking | rooting | utilisation abusive du démarrage déverrouillé | faux guide de rooting/jailbreak pour guider les utilisateurs à installer le logiciel malveillant) et à s'installer sur la partition /system ou même sur les partitions /boot et /recovery (qui ne sont normalement même pas visibles pour les utilisateurs du téléphone), alors la réinitialisation d'usine ne vous aidera pas et vous devrez utiliser des outils spéciaux pour vous débarrasser du logiciel malveillant. Je veux dire des techniques comme le re-flash matériel de la puce mémoire ou la reconquête des privilèges root et le re-flash des partitions affectées à partir d'une image/sauvegarde propre.
Il convient également de mentionner qu'un nombre assez important d'appareils Android (à faible coût) a récemment été trouvé pour être expédié aux clients avec le malware pré-installé dans le système, donc la réinitialisation d'usine ne serait pas utile dans ces cas.