La deuxième génération (généralement datée de 1956 à 1963) utilisait des transistors discrets. Les exemples sont les IBM 7090 et 7094, l'UNIVAC 1107, les PDP-1 et 8, etc.
Toutefois, l'ordinateur expérimental à transistors de l'Université de Manchester'a été opérationnel pour la première fois en novembre 1953 et est largement considéré comme le premier ordinateur à transistors à entrer en service dans le monde. Cependant, il utilisait également un petit nombre de tubes dans son générateur d'horloge, il n'était donc pas la première machine entièrement transistorisée.
L'ordinateur à transistors de Manchester utilisait 92 transistors à contact ponctuel, encore moins fiables que les valves qu'ils remplaçaient mais qui consommaient beaucoup moins d'énergie. Le fonctionnement moyen sans erreur d'un modèle amélioré en 1955 n'était que de 1,5 heure.
En 1954, les Bell Labs ont livré TRADIC (TRAnsistor DIgital Computer ou TRansistorized Airborne DIgital Computer) à l'armée de l'air américaine. Il utilisait également des tubes à vide dans le générateur d'horloge.
Le premier ordinateur entièrement transistorisé était le CADET de Harwell, qui a fonctionné pour la première fois en février 1955.
L'IBM 7070 a été le premier ordinateur à programme enregistré transistorisé de la société'tion. Introduit en 1958, il utilisait 30 000 transistors à jonction en alliage de germanium et 22 000 diodes au germanium.
L'IBM 1401, considéré comme le premier ordinateur produit en série vendu à plus de 10 000 unités, utilisait également un transistor à jonction en alliage de germanium.
L'IBM 083, NPN, (equiv 2N1302), utilisé dans la plupart des cartes logiques SMS.
Plus d'informations sur les transistors à jonction en alliage de germanium utilisés dans ces ordinateurs peuvent être trouvées ici.