Selon la façon dont vous effectuez le chiffrement, oui.
Je ne recommande pas le chiffrement du disque entier parce que le chiffrement fait effectivement partie du système d'exploitation. C'est pratique, et cela peut très bien fonctionner si l'utilisateur est prudent et sait ce qu'il fait. Mais cela peut conduire à des problèmes de verrouillage, même si les fichiers eux-mêmes ne posent pas de problème. Une erreur avec le chiffrement du disque entier peut littéralement vous verrouiller votre disque entier et tout son contenu.
Le chiffrement des fichiers et des dossiers évite cela. Il peut être tout aussi sûr que le chiffrement du disque entier, mais pour le système d'exploitation, vos fichiers chiffrés ne sont que des fichiers, rien d'extraordinaire. Les opérations de sauvegarde/restauration/copie/envoi/autres fonctionnent toutes tout à fait normalement, avec zéro complication ou risque supplémentaire ; et vos fichiers et dossiers restent entièrement cryptés, quels que soient l'endroit et la manière dont ils sont déplacés - même hors disque, par exemple vers un stockage en nuage ; vers une clé USB ; vers un nouveau PC ; ou vers un autre OS.
De plus, les problèmes et les erreurs liés au chiffrement des fichiers et des dossiers sont généralement limités aux seuls fichiers et dossiers faisant l'objet d'un chiffrement ou d'un déchiffrement actif - et non à l'ensemble du disque.
Les outils de chiffrement des fichiers et des dossiers sont largement disponibles. Par exemple, le logiciel libre et gratuit 7-Zip peut crypter vos fichiers et dossiers selon la norme AES-256 ; ce qui est actuellement considéré comme inviolable.
Combinés à un bon gestionnaire de mots de passe (pour générer des mots de passe longs et complexes et les mémoriser pour vous), les outils de cryptage de fichiers et de dossiers comme 7-Zip sont faciles à utiliser et rendent vos données très, très sûres.
(7-Zip peut également compresser vos fichiers, si vous avez besoin d'espace.)
Donc, oui, cryptez. Mais choisissez avec soin pour ne pas ajouter des complications inutiles à votre quête de sécurité.